Die Pilzmikrobiota (Mykobiota) ist ein wesentlicher Bestandteil der komplexen mikrobiellen Gemeinschaft, die den Magen-Darm-Trakt von Säugetieren besiedelt und spielt eine wichtige Rolle bei der Immunregulation. Obwohl abweichende Veränderungen in der Mykobiota mit verschiedenen Krankheiten, darunter chronisch-entzündlichen Darmerkrankungen (CED), in Verbindung gebracht werden, ist derzeit nicht bekannt, ob die durch Deep Sequencing erfassten Pilzarten lebende Organismen repräsentieren und ob bestimmte Pilze funktionelle Auswirkungen auf die Krankheitsentwicklung bei betroffenen Personen haben.
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